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同学好，
首先两个句子的身份就完全不一样，如果是说es liegt vermutlich daran……（它估计是在于……），这就是一个普通的句子，一个主句，和“我吃烤鸭”“它玩皮球”……一样都是最普通的句子（主句，陈述句，动词在第二成分，也就不可能是es vermutlich daran liegt这种顺序了）
现在你看到的was引导的句子，是一个关系从句，关系从句是用来修饰限定主句里面的成分的。比如：Ich habe alles我有所有的东西。 现在大家不明白了：所有的东西是什么样的呢？——我们想修饰一下alles，我们可以用was引导从句（动词放在末尾）：Ich habe alles, was ich brauche. 我有了[我需要的]所有东西。现在was引导的那个半句就对应于[]里的内容。他是修饰主句Ich habe alles里面的alles的成分的。此处也是同理。所以显然你直接把was换成es就不对，因为是完全不搭配的。