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同学你好
で：表示时间、空间、数量、价值等的限定。
如：
夏休みは明日で終わります。暑假明天就结束了。
牛丼はこれでできあがりました。牛肉盖浇饭这就做好了。
これは百元で買いました。这个是用100块钱买的。
鉛筆は三本でいくらですか。铅笔三根多少钱？

这里和第一个例句接近，表示到这个月，我来日本就三年了。


から　的话，表示从～开始
我们可以先从汉语来理解一下
我们汉语的表达习惯也是说 到个月，我来日本就三年了
从～开始的话 　是在从现在到将来
但是 来日本就三年了 描述的是 过去三年到现在这个时间点
因此用から的话不是很自然

如有疑问请按追问
祝学习进步