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1、形态不同
自然经济是传统社会封建经济形态下主要的经济形式，它与商品经济既相互结合又相互排斥，不能说自然经济就是没有商品交换的。它指生产是为了直接满足生产者个人或经济单位的需要，而不是为了交换的经济形式。 自然经济，商品经济的对立面，私有制经济的一种表现。
小农经济亦称“个体农民经济”。以家庭为单位、生产资料个体所有制为基础，完全或主要依靠自己劳动，满足自身消费为主的小规模农业经济。其中，有的以自有土地经营，有的以租入土地经营，亦有两者兼之。
2、特点不同
小农经济主要特点是：在小块土地上使用落后的手工工具进行分散经营；生产力水平低，抵抗自然灾害的能力弱；经济地位不稳定，在私有制占统治地位的社会易于走向贫富两极分化。
自然经济是以家庭（其他时期也包括氏族公社、封建庄园等）为主要基本生产单位，生产规模相当小。大多数情况下产品的原料采集、生产乃至消费都是为了满足劳动者自身需要（而不是为了进行资本积累并扩大再生产。
3、作用不同
小农经济不仅为广大农民提供了生存保障，也让农村的剩余劳动力低成本进入城市成为可能。在这种前提下，中国出现了世所罕见的“春运潮”，但却没有发生几乎所有发展中国家都无法回避的贫民窟现象。
自然经济具有很大的稳定性和平和性，对物质的需求较低（所谓自给自足的小农生活），生产和消费都较为分散，不能为科技发展提供必要的物质条件；而商品经济具有竞争性，为了获得利益，资本拥有者会尽可能提高生产力，降低生产成本，而最为有效的方法就是发展科技。