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同学你好，这两句话的句式是不一样的。
第一句的从句是定语从句，从句que has hecho这部分所修饰的是名词trabajo。第二句的从句是主语从句，这里主句动词estar mal是单一人称系表结构，所以从句需要使用虚拟式。
我们可以从句子意思来理解一下这两个从句的差异：
1. 我认为你做的工作很棒。这里“我觉得棒”的东西是“工作”；而“你做的”是修饰“工作”的，它和主句“我觉得棒”没有关系。
2. 你那样对待你妈妈是不好的。这里“不好”的东西是“你那样对待你妈妈”，发现了吗？对象是一整个从句，当被评价的东西是一整个从句时，从句动词才要用虚拟式。