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同学你好

ご説明のおかげで彼女に悪気があったわけではないこどだけはよくわかりました。

这里的【だけ】、指的是 就这件事情，只，仅仅 的意思。
这里中文翻译是 ：多亏了你的解释，就对她并不是有恶意的这件事情我已经完全了解清楚了。
【だけ】起到限定的作用，仅凭这一句同学可能看不出来什么作用。但如果联系上下文，或者当时的情境的话就可以知道，就说话人了解了只是对她没有恶意这件事情，仅仅对于此事表示可谅解，但可能还有其他的事情无法理解。

祝同学学习进步