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这两种表达都是OK的哦，语感上的区别如下：
私と李さんが部屋にいます。单纯陈述。
私と李さんは部屋にいます。 强调语气。
我和小李（的话），（是）在房间里（的）。==》强调二人此时存在的地点。

再比如：
コップが机に置いてある。 单纯陈述。
コップは机に置いてある。强调语气。
杯子（的话），（是）放在桌子上（的）。

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