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同学你好，
此处涉及到三格静态地点说明语和四格动态方向补足语的区别，简单地来说是“静三动四”
三格的in der Schule是静态的地点说明语，表达的是“在学校”
四格的in die Schule是动态的方向补足语，表达的是“去学校”

例句1“Er macht sich gut in der Schule.”中的in der Schule表达的是“在学校里”，在某一处地方做某件事情，是静态的说明语，介词宾语用三格
例句2“In der Schule ist ihm alles zugeflogen.”中的In der Schule表达的也是“在学校里”，用法同上
例句3“Wir sind zusammen in die Schule gegangen.”直译过来是“我们之前是一起去学校的”，“去学校”是一个动态的表达方式，in die Schule作为方向补足语的话介词宾语要用四格

祝学习愉快~