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同学你好~~
这2个表达意思完全不同哦~！不可以这样换呢。
のではありません。 表示否定，放在句尾也就说对于前面句子整体进行否定。
这个句子里就是对“授業が分からないから，授業を休んだ（因为上课不懂所以请假）”这个部分进行否定。
句子理解为：并非表示因为上课不动所以请假的。

而你写的“授業を休まないのです”，“授業を休まない”意思是“不请假”。
如果改成这样，句子 意思就成了“因为上课不懂、所以不请假”。
这样一来，整个逻辑结构和意思都不同了哦。

可以点追问
祝学习愉快！