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同学你好~
从翻译上看，都是“她完成了作业了吗？”

现在完成时着眼于现在，强调过去发生的某动作对现在造成的影响和结果，或是由过去持续到现在的动作。
I have cleaned the classroom .（强调扫地所产生的结果：地干净了！）
We have lived here for ten years.（“住”从过去持续到现在的动作用现在完成时）
We have lived here since we came here.（“住”是从过去持续到现在的动作用现在完成时）

过去完成时则主要体现过去发生的两动作的先后有别，表达的是“过去的过去”，即比过去发生的某动作都还要“过去”，两动作中先发生的就用过去完成时，后发生的则只用一般过去时。

Mr Green had lived in New York for ten years before he came to China.(来”中国已过去，而先前“住”在纽约更过去！）
We had learned 1000 words by the end of last term.
（“上期期末”已过去，而是在其前“学”的就更过去了）

也就是说，如果要用Had she finished her homework? 是必须要有另外一个过去事件和其作对比的，要凸显出“完成作业”是发生在另一个过去动作之前的。

祝同学学习进步~