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同学你好，que代替的是宾语，qui引导的是主语，这个理解本身是没有错的。
但是这个句子的理解和划分把握得还不够准确哦，Les différentes personnes que Bernadette fréquentait n'ont pas toutes été retrouvées par la police. 这句话中，主句是Les différentes personnes n'ont pas toutes été retrouvées par la police， 中间que Bernadette fréquentait 才是从句部分，意思是Bernadette 日常交往的人，fréquenter qn, 所以先行词 les différentes personnes是作从句的宾语，所以用que