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可以的。日语的语序比较灵活。

同学说的这两句话都是 来上海做什么 的意思，没有意义上的区别。
都是正确的。
なにをしに上海へ来ましたか。这种形式更常用。

日语被称为粘着语，句子中的成分起什么语法作用不太计较其出现的顺序，而是由该单词后粘着的助词决定的，唯一规定了次序的就是动词一定放在句尾。
我们可以来看看日语和中文的区别！
打个比方，中文的[我晚上在家学习日语]，[我]是主语，[在家]是地点状语，[晚上]是时间状语，[学习]是动词[日语]是宾语。这是中文最典型的主谓宾的语序规定。英文与之类似。
但是日语却不是，首先动词一定要在句尾。对应的日语全文是——[私は夜、家で日本語を勉強する]「私は」——我，[は]是提示助词，在本句内提示这个[]是句子的主语。「夜」——时间副词，后面可以省去粘着助词，「家で」——在家，[で]是粘着[家]的，表示地点状语「日本語を」——[を]是宾语助词，粘着在[日本語]后面，表明是宾语「勉強する」
因此只要把「勉強する」放在句尾你可以说——
私は家で日本語を夜、勉強する。
私は夜、日本語を家で勉強する。
私は日本語を夜、家で勉強する。
私は日本語を家で夜、勉強する。
甚至可以说——日本語を夜，私は家で勉強する。
从日语的这种现象可以看出日本人不是很拘泥于一种很严密的语法顺序，只要把句子的成分比较自由地罗列后传达给对方一种氛围即可达到交流的默契。
因此这也是学日语的最难得地方，这些对初学者来说比较难领会。但是慢慢的会了解到的！

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