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同学你好。

你问的是过去完成时和现在完成时的区别。

现在完成时表示的动作发生在过去，以现在的时间为基点，但侧重对现在产生的结果或造成的影响，与现在有关，其结构为“助动词 have (has) + 过去分词”；
过去完成时则是一个相对的时态，以过去时间为基点，它所表示的动作不仅发生在过去，更强调“过去的过去”，只有和过去某时或某动作相比较时，才用到它。
对比：
I have learned 1000 English words so far.
到目前为止我已经学会了 1000 个英语单词。 （so far，到目前为止，过去动作对现在的影响）
I had learned 1000 English words till then.
到那时为止我已经学会了 1000 个英语单词。（till then，直到那时，在“那时”之前的动作，“过去的过去”）

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至于同学给出的例子，不能使用had是因为后面有since，since是现在完成时的标志，只能用have done不能用had done。

希望有帮助到你~