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同学你好，
except for的意思是“除去”，except for后接的词同整体词（主语）一般是同类，指在同类的整体中除去一个部分。例如:
I can answer all the questions except for the last one.
除了最后一题外，所有题目我都可以解答。

原文这个句子的意思是：除了木条和放在木条下的杯子，它只是个空的小盒子。【木条和杯子是存在的，作者只是说，如果除去它们，就只有空盒子了】

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